Sejarah Desa Mengkudu, menurut informasi yang didapatkan dari tokoh-tokoh Masyarakat yang terdahulu, sebelumnya desa ini diberi nama Desa Kerang II Dilli. Masyarakat biasa menyebutnya dengan nama Kerang Dili. Pada tahun 1992 desa ini menjadi lokasi Desa Transmigrasi, setelah terjadi penggabungan tersebut sebelumnya Desa Kerang II Dilli menjadi Desa Persiapan yang setelahnya berubah menjadi Desa Defenitif. Pada tahun 1995 akhirnya disepakati penetapan nama desa, menjadi Desa Mengkudu hingga saat ini.

Sepanjang sejarahnya Desa Mengkudu telah mengalami beberapa kali pergantian kepala desa. Kepala Desa yang pertama atas nama Bapak Mihim masa kepemimpinan Kepala Desa yang pertama sejak tahun 1990-1995. Setelah masa kepemimpinan bapak Mihim, Kepala Desa selanjutnya yang terpilih menjadi pimpinan Desa Mengkudu atas nama Bapak Panggel. Beliau menjabat sebagai kepala Desa Mengkudu sejak tahun 1995-2005.

Pada tahun 2005, untuk pertama kalinya pemilihan kepala desa dilaksanakan secara demokratis sesuai dengan aturan yang dibuat oleh Pemerintah Kabupaten. Hasil dari pesta demokrasi ini dimenangkan oleh Saudara Andis Fauzi. Masa jabatan beliau selama 5 tahun, sejak tahun 2005-2010. Di tahun 2010 pesta demokrasi dilaksanakan lagi, pada pemilihan tahun ini yang terpilih dan mendapat suara tertinggi adalah saudara Rebut Hamdi. Masa jabatan beliau selama 6 tahun sejak tahun 2010-2016.

Pada tahun 2016 diselenggarakan pemilihan kepala desa, dan pada saat kontestasi ini yang memenangkan pemilihan adalah saudara Andis Fauzi. Masa jabatan beliau sejak tahun 2016-2023. Pada tahun 2023 dilaksanakan pemilihan kepala desa serentak dan yang menjabat menjadi kepala Desa Mengkudu adalah saudara Rebut Hamdi, masa jabatan beliau sejak 2023 – sekarang.

Nama-nama Kepala Desa Mengkudu :